Das Rektorat ist das Leitungsgremium der Hochschule Bremerhaven. Ihm obliegen alle Angelegenheiten der Hochschule, soweit sie nicht ausdrücklich in andere Zuständigkeit fallen. Dem Rektorat gehören der Rektor Prof. Dr. Dr. h.c. Alexis Papathanassis, der Konrektor Prof. Dr. Patrick Frohberg, die Konrektorin Prof. Dr. Rabea Diekmann sowie Dr. Helga Schiwek als Kanzlerin an.